| 【種・亜種目録】北海道の魚類（淡水・汽水）（2018年） | ||||||
| No. | 目 名 | 科 名 | 和名（種名又は亜種名） | 学 名 | 旧表記等 | |
| 1 | ヤツメウナギ目 | ヤツメウナギ科 | ミツバヤツメ | Entosphenus tridentatus | ||
| 2 | ヤツメウナギ目 | ヤツメウナギ科 | スナヤツメ北方種 | Lethenteron sp.1 | <html>スナヤツメ <i>Lethenteron reisssneri</i></html> | |
| 3 | ヤツメウナギ目 | ヤツメウナギ科 | シベリアヤツメ | Lethenteron kessleri | ||
| 4 | ヤツメウナギ目 | ヤツメウナギ科 | カワヤツメ | Lethenteron camtchaticum | Lethenteron japonicum | |
| 5 | チョウザメ目 | チョウザメ科 | チョウザメ | Acipenser medirostris | ||
| 6 | ウナギ目 | ウナギ科 | ニホンウナギ | Anguilla japonica | ウナギ | |
| 7 | サケ目 | サケ科 | イトウ | Parahucho perryi | Hucho perryi | |
| 8 | サケ目 | サケ科 | カワマス | Salvelinus fontinalis | ||
| 9 | サケ目 | サケ科 | オショロコマ | Salvelinus malma krascheninnikovi | Salvelinus malma malma | |
| 10 | サケ目 | サケ科 | ミヤベイワナ | Salvelinus malma miyabei | ||
| 11 | サケ目 | サケ科 | アメマス | Salvelinus leucomaenis leucomaenis | ||
| 12 | サケ目 | サケ科 | サクラマス | Oncorhynchus masou masou | Oncorhynchus masou | |
| 13 | サケ目 | サケ科 | アマゴ | Oncorhynchus masou ishikawae | ||
| 14 | サケ目 | サケ科 | ベニザケ | Oncorhynchus nerka | ||
| 15 | サケ目 | サケ科 | カラフトマス | Oncorhynchus gorbuscha | ||
| 16 | サケ目 | サケ科 | サケ | Oncorhynchus keta | ||
| 17 | サケ目 | サケ科 | マスノスケ | Oncorhynchus tschawytscha | ||
| 18 | サケ目 | サケ科 | ギンザケ | Oncorhynchus kisutch | ||
| 19 | サケ目 | サケ科 | ニジマス | Oncorhynchus mykiss | ||
| 20 | サケ目 | サケ科 | ブラウントラウト | Salmo trutta | ||
| 21 | サケ目 | アユ科 | アユ | Plecoglossus altivelis altivelis | ||
| 22 | サケ目 | キュウリウオ科 | キュウリウオ | Osmerus dentex | ||
| 23 | サケ目 | キュウリウオ科 | シシャモ | Spirinchus lanceolatus | ||
| 24 | サケ目 | キュウリウオ科 | ワカサギ | Hypomesus nipponensis | ||
| 25 | サケ目 | キュウリウオ科 | イシカリワカサギ | Hypomesus olidus | ||
| 26 | サケ目 | キュウリウオ科 | チカ | Hypomesus japonicus | ||
| 28 | サケ目 | シラウオ科 | シラウオ | Salangichthys microdon | ||
| 29 | コイ目 | コイ科 | ウグイ | Tribolodon hakonensis | ||
| 30 | コイ目 | コイ科 | マルタ | Tribolodon brandti | マルタウグイ | |
| 31 | コイ目 | コイ科 | エゾウグイ | Tribolodon sachalinensis | Tribolodon ezoe | |
| 32 | コイ目 | コイ科 | ヤチウグイ | Phoxinus pernurus sachalinensis | ||
| 33 | コイ目 | コイ科 | オイカワ | Zacco platypus | ||
| 34 | コイ目 | コイ科 | モツゴ | Pseudorasbora parva | ||
| 35 | コイ目 | コイ科 | シナイモツゴ | Pseudorasbora pumila pumila | ||
| 36 | コイ目 | コイ科 | コイ | Cyprinus carpio | ||
| 37 | コイ目 | コイ科 | ギンブナ | Carassius sp. | ||
| 38 | コイ目 | コイ科 | キンギョ | Carassius auratus auratus | ||
| 39 | コイ目 | コイ科 | ヒブナ | Carassius sp. | Carassius auratus | |
| 40 | コイ目 | コイ科 | タモロコ | Gnathopogon elongatus elongatus | ||
| 41 | コイ目 | コイ科 | キンブナ | Carassius auratus subsp.2 | ||
| 42 | コイ目 | コイ科 | ゲンゴロウブナ | Carassius cuvieri | ||
| 43 | コイ目 | コイ科 | アブラハヤ | Phoxinus lagoswskii steindachneri | ||
| 44 | コイ目 | コイ科 | タイリクバラタナゴ | Rhodeus ocellatus ocellatus | ||
| 45 | コイ目 | コイ科 | ソウギョ | Ctenopharyngodon idella | ||
| 46 | コイ目 | ドジョウ科 | ドジョウ | Misgurnus anguillicaudatus | ||
| 47 | コイ目 | ドジョウ科 | フクドジョウ | Noemacheilus barbatulus toni | ||
| 48 | コイ目 | ドジョウ科 | エゾホトケドジョウ | Lefua nikkonis | ||
| 49 | カダヤシ目 | カダヤシ科 | グッピー | Poecilia reticulata | ||
| 50 | カダヤシ目 | カダヤシ科 | コクチモーリー | Poecilia sphenops | ||
| 51 | ナマズ目 | ナマズ科 | ナマズ | Silurus asotus | ||
| 52 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | 太平洋系降海型イトヨ | Gasterosteus aculeatus aculeatus | <html>イトヨ太平洋型 <i>Gasterosteus aculeatus</i></html> | |
| 53 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | 太平洋系陸封型イトヨ | Gasterosteus aculeatus subsp.1 | ||
| 54 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | ニホンイトヨ | <html>Gasterosteus nipponicus sp. nov<i>.</i></html> | <html>イトヨ日本海型 <i>Gasterosteus aculeatus</i></html> | |
| 55 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | トミヨ属淡水型 | Pungitius sp.1 | ||
| 56 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | トミヨ属汽水型 | Pungitius sp.2 | イバラトミヨ汽水型 | |
| 57 | トゲウオ目 | トゲウオ科 | エゾトミヨ | Pungitius tymensis | ||
| 58 | トゲウオ目 | ボラ科 | ボラ | Mugil cephalus cephalus | ||
| 59 | トゲウオ目 | ボラ科 | メナダ | Chelon haematocheilus | ||
| 60 | トゲウオ目 | サヨリ科 | サヨリ | Hyporhamphus sajori | ||
| 61 | トゲウオ目 | メダカ科 | ミナミメダカ | Oryzias latipes | メダカ | |
| 62 | スズキ目 | サンフィッシュ科 | ブルーギル | Lepomis macrochirus | ||
| 63 | スズキ目 | サンフィッシュ科 | オオクチバス | Micropterus salmonides | ||
| 64 | スズキ目 | サンフィッシュ科 | コクチバス | Micropterus dolomieu | ||
| 65 | スズキ目 | カワスズメ科 | カワスズメ | Oreochromis mossambicus | ||
| 66 | スズキ目 | カワスズメ科 | ナイルティラピア | Oreochromis niloticus | ||
| 67 | スズキ目 | ハゼ科 | ヌマチチブ | Tridentiger brevispinis | ||
| 68 | スズキ目 | ハゼ科 | シモフリシマハゼ | Tridentiger bifasciatus | ||
| 69 | スズキ目 | ハゼ科 | アカオビシマハゼ | Tridentiger trigonocephalus | ||
| 70 | スズキ目 | ハゼ科 | クロダハゼ | Rhinogobius kurodai | トウヨシノボリ | |
| 71 | スズキ目 | ハゼ科 | ルリヨシノボリ | Rhinogobius sp.CO | ||
| 72 | スズキ目 | ハゼ科 | アシシロハゼ | Acanthogobius lactipes | ||
| 73 | スズキ目 | ハゼ科 | マハゼ | Acanthogobius flavimanus | ||
| 74 | スズキ目 | ハゼ科 | ウキゴリ | Gymnogobius urotaenia | ||
| 75 | スズキ目 | ハゼ科 | シマウキゴリ | Gymnogobius opperiens | ||
| 76 | スズキ目 | ハゼ科 | スミウキゴリ | Gymnogobius petschiliensis | <html><i>Chaenogobius</i> sp.2</html> | |
| 77 | スズキ目 | ハゼ科 | ビリンゴ | Gymnogobius breunigii | ||
| 78 | スズキ目 | ハゼ科 | ジュズカケハゼ | Gymnogobius castaneus | ||
| 79 | スズキ目 | ハゼ科 | シロウオ | Leucopsarion petersii | ||
| 80 | スズキ目 | ハゼ科 | ミミズハゼ | Luciogobius guttatus | ||
| 81 | スズキ目 | タイワンドジョウ科 | カムルチー | Channa argus | ||
| 82 | カサゴ目 | カジカ科 | カジカ中卵型 | Cottus sp. | Cottus pollux | |
| 83 | カサゴ目 | カジカ科 | カンキョウカジカ | Cottus hangiongensis | ||
| 84 | カサゴ目 | カジカ科 | ハナカジカ | Cottus nozawae | ||
| 85 | カサゴ目 | カジカ科 | エゾハナカジカ | Cottus amblystomopsis | ||
| 86 | カレイ目 | カレイ科 | ヌマガレイ | Platichthys stellatus | ||
| 87 | カレイ目 | カレイ科 | イシガレイ | Kareius bicoloratus |