| 【種・亜種目録】北海道の哺乳類（２０１６年） | |||||
| No. | 目 名 | 科 名 | 和名（種名又は亜種名） | 学 名 | |
| 1 | ﾓｸﾞﾗ目(食虫目) | ﾄｶﾞﾘﾈｽﾞﾐ科 | トウキョウトガリネズミ | Sorex minutissimus hawkeri | |
| 2 | ﾓｸﾞﾗ目(食虫目) | ﾄｶﾞﾘﾈｽﾞﾐ科 | エゾトガリネズミ | Sorex caecutiens saevus | |
| 3 | ﾓｸﾞﾗ目(食虫目) | ﾄｶﾞﾘﾈｽﾞﾐ科 | オオアシトガリネズミ | Sorex unguiculatus | |
| 4 | ﾓｸﾞﾗ目(食虫目) | ﾄｶﾞﾘﾈｽﾞﾐ科 | ヒメトガリネズミ | Sorex gracillimus | |
| 5 | ﾓｸﾞﾗ目(食虫目) | ﾄｶﾞﾘﾈｽﾞﾐ科 | ニホンジネズミ | Crocidura dsinezumi | |
| 6 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ｷｸｶﾞｼﾗｺｳﾓﾘ科 | キクガシラコウモリ | Rhinolophus ferrumequinum | |
| 7 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ｷｸｶﾞｼﾗｺｳﾓﾘ科 | コキクガシラコウモリ | Rhinolophus cornutus | |
| 8 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ヒメホリカワコウモリ | Eptesicus nilssonii parvus | |
| 9 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ヤマコウモリ | Nyctalus aviator | |
| 10 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | チチブコウモリ | Barbastella leucomelas darjelingensis | |
| 11 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ニホンウサギコウモリ | Plecotus sacrimontis | |
| 12 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ヒナコウモリ | Vespertilio sinensis | |
| 13 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ヒメヒナコウモリ | Vespertilio murinus | |
| 14 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ヒメホオヒゲコウモリ | Myotis ikonnikovi | |
| 15 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | カグヤコウモリ | Myotis frater kaguyae | |
| 16 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | モモジロコウモリ | Myotis macrodactylus | |
| 17 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ホンドノレンコウモリ | Myotis nattereri bombinus | |
| 18 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ウスリドーベントンコウモリ | Myotis petax ussuriensis | |
| 19 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | ウスリーホオヒゲコウモリ | Myotis gracilis | |
| 20 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | クロオオアブラコウモリ | Hypsugo alaschanicus | |
| 21 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | テングコウモリ | Murina hilgendorfi | |
| 22 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | コテングコウモリ | Murina ussuriensis | |
| 23 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ﾋﾅｺｳﾓﾘ科 | アブラコウモリ | Pipistellus abramus | |
| 24 | ｺｳﾓﾘ目(翼手目) | ｵﾋｷｺｳﾓﾘ科 | オヒキコウモリ | Tadarida insignis | |
| 25 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | エゾヤチネズミ | Myodes rufocanus bedfordiae | |
| 26 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | ミカドネズミ | Myodes rutilus mikado | |
| 27 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | ムクゲネズミ | Myodes rex | |
| 28 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | カラフトアカネズミ | Apodemus peninsulae giliacus | |
| 29 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | エゾアカネズミ | Apodemus speciosus ainu | |
| 30 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | ヒメネズミ | Apodemus argenteus | |
| 31 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | ハツカネズミ | Mus musculus | |
| 32 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | クマネズミ | Rattus rattus | |
| 33 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾈｽﾞﾐ科 | ドブネズミ | Rattus norvegicus | |
| 34 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾘｽ科 | エゾリス | Sciurus vulgaris orientis | |
| 35 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾘｽ科 | エゾシマリス | Tamias sibiricus lineatus | |
| 36 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾘｽ科 | シマリス（亜種ｴｿﾞｼﾏﾘｽを除く。亜種名不明） | Tamias sibiricus ssp. | |
| 37 | ﾈｽﾞﾐ目(齧歯目) | ﾘｽ科 | エゾモモンガ | Pteromys volans orii | |
| 38 | ｳｻｷﾞ目(兎目) | ﾅｷｳｻｷﾞ科 | エゾナキウサギ | Ochotona hyperborea yesoensis | |
| 39 | ｳｻｷﾞ目(兎目) | ｳｻｷﾞ科 | エゾユキウサギ | Lepus timidus ainu | |
| 40 | ｳｻｷﾞ目(兎目) | ｳｻｷﾞ科 | アナウサギ | Oryctolagus cuniculus | |
| 41 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾇ科 | キタキツネ | Vulpes vulpes schrencki | |
| 42 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾇ科 | エゾタヌキ | Nyctereutes procyonoides albus | |
| 43 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾇ科 | （ノイヌ） | Canis familialis | |
| 44 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾇ科 | エゾオオカミ | Canis lupus hattai | |
| 45 | ﾈｺ目(食肉目) | ｸﾏ科 | エゾヒグマ | Ursus arctos yesoensis | |
| 46 | ﾈｺ目(食肉目) | ｱﾗｲｸﾞﾏ科 | アライグマ | Procyon lotor | |
| 47 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | ニホンイタチ | Mustela itatsi | |
| 48 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | イイズナ | Mustela nivalis | |
| 49 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | エゾオコジョ | Mustela erminea orientalis | |
| 50 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | ニホンテン | Martes melampus | |
| 51 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | エゾクロテン | 'Martes zibellina brachyura | |
| 52 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | ミンク | Mustela vison | |
| 53 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | カワウソ | Lutra Lutra | |
| 54 | ﾈｺ目(食肉目) | ｲﾀﾁ科 | ラッコ | Enhydra lutris | |
| 55 | ﾈｺ目(食肉目) | ﾈｺ科 | （ノネコ） | Felis catus | |
| 56 | ﾈｺ目(食肉目) | ｼﾞｬｺｳﾈｺ科 | ハクビシン | Paguma larvata | |
| 57 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｻﾞﾗｼ科 | ゼニガタアザラシ | Phoca vitulina stejnegeri | |
| 58 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｻﾞﾗｼ科 | ゴマフアザラシ | Phoca largha | |
| 59 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｻﾞﾗｼ科 | ワモンアザラシ | Phoca hispida ochotensis | |
| 60 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｻﾞﾗｼ科 | クラカケアザラシ | Histriophoca fasciata | |
| 61 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｻﾞﾗｼ科 | アゴヒゲアザラシ | Erignathus barbatus | |
| 62 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｼｶ科 | トド | Eumetopias jubatus | |
| 63 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｼｶ科 | オットセイ | Callorhinus ursinus | |
| 64 | ｱｻﾞﾗｼ目(鰭脚亜目) | ｱｼｶ科 | ニホンアシカ | Zalophus japonicus | |
| 65 | ｳｼ目(偶蹄目) | ｼｶ科 | エゾシカ | Cervus nippon yesoensis | |
| 66 | ｳｼ目(偶蹄目) | ｲﾉｼｼ科 | イノシシ | Sus scrofa |